Sesuai surat tugas nomor 07/ST/VII/1/2024 tanggal 19 Januari 2024, BPK melakukan Pemeriksaan atas Laporan Keuangan Kementerian Agama Tahun 2023 pada Kementerian Agama dan Instansi Terkait Lainnya di Provinsi Aceh, Sumatera Utara, Sumatera Barat, Sumatera Selatan, Jambi, Lampung, Bengkulu, Banten, DKI Jakarta, DI Yogyakarta, Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, Kalimantan Timur, Kalimantan Selatan, dan Sulawesi Selatan.

Sehubungan dengan hal tersebut, pada hari senin 26 Februari 2024 di adakan rapat entry meeting dengan BPK. Dari BPK di hadiri Pengendali Teknis 4 Bapak Ibnu Gautama Sugiarto, ketua tim 2 Bapak Cendy Avrian, ketua Sub tim 3, bapak Wahyu Tri Handoko dan anggota tim Sugiati, Sri Pudji Handayani dan Novan Ariful Hamdan C.A. BPK di damping 4 orang dari Itjen.

Tahun 2024 Wilayah Provinsi DI Yogyakarta yang di periksa antara lain Kanwil Kemenag DIY, UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, Kankemenag Kab. Kulonprogo, Kankemenag Kab. Gunung Kidul selama 40 hari. Sedangkan di UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta dimulai tanggal 29 Januari s.d. 10 Maret 2024. Sedangkan untuk UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta mulai tanggal 26 Februari sd 2 Maret 2024.

Hadir warek 1 dan 3 dan kabiro AUK dan AAK, seluruh dekan, ketua Lembaga dan unit, para pejabat UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Dalam sambutannya Kabiro AUK menyambut baik kehadiran dan siap membantu pemeriksaaan dengan didampingi SPI.